R-TYPE DX: Music Encore сводит воедино две кампании, посвящённые войне с Баидо — империей из-за пределов пространства. Человечество противостоит враждебной форме жизни, нацеленной на полное уничтожение земной цивилизации. Игроку отведена роль пилота усовершенствованного R-9 с энергетическим устройством «Сила». В основной кампании главы сменяют друг друга непрерывно: путь ведёт от первого столкновения к решающей контратаке без остановок. Игра сохраняет дух оригинала, при этом использует новые технические решения и более насыщенное звуковое сопровождение.

В издании особое место занимает Music Encore. В этом режиме аудио создано заново на подлинных чипах, чтобы передать звучание портативной системы; теперь у каждой локации своя музыка, в том числе там, где прежде повторялись темы из других этапов.

Для освоения непростой игры предусмотрены вспомогательные функции. Перемотка позволяет откатиться к любой точке записи, а прогресс можно закреплять в 12 отдельных слотах быстрого сохранения. До начала прохождения настраиваются скорость и вооружение; для непрерывного огня есть специальная кнопка автострельбы. Встроенный архив содержит оригинальные руководства и рекламные буклеты. Во время боя система миссий учитывает достижения и статистику.

Изображение можно переключить с цветного, стилизованного под экраны старых консолей, на классическое монохромное. Через меню открываются материалы об истории игры, в том числе сведения об оформлении упаковок первого выпуска. Статистика отображает итоговые очки, меткость и число использованных попыток. Вспомогательные возможности делают игру удобнее, но не отменяют требовательного маневрирования в тесных проходах вражеских баз.