Распоряжение на карантинном посту определяет, кто попадёт в убежище, а кто останется за его пределами. В Quarantine Zone: The Last Check игрок досматривает беженцев во время зомби-апокалипсиса. Посетителя нельзя оценивать только по общему впечатлению: кашель, раны, ненормальный пульс или зеленоватая кожа могут указывать на заражение. Для обследования предусмотрены рентгеновский аппарат, метиаскоп и молоток, которым проверяют рефлексы. Нужно изучать признаки и уже по ним решать дальнейшую судьбу человека.

У проверки три возможных исхода. Одного выжившего разрешают пропустить, другого помещают отдельно для последующего наблюдения; заражённому может грозить немедленная ликвидация. Цена неверного заключения выходит далеко за рамки одного досмотра: под угрозой оказываются остальные жители лагеря. За медицинской процедурой постоянно стоит моральный выбор, ведь служебные предписания здесь буквально решают, кому жить.

Работа сотрудника не заканчивается у входа. Убежищу нужны продукты, медикаменты и электричество, прибывшим людям необходимо выделять места. Запасы ограничены, поэтому распределением ресурсов приходится заниматься одновременно с проверкой новичков. В специально оборудованной клетке исследуют недавно превратившихся зомби: изучение даёт образцы, которые используются при разработке улучшений.

После наступления ночи внимание переносится на оборону лагеря. Отбиваться позволяют неподвижные огневые позиции, автоматизированные турели и беспилотники. Со временем натиск усиливается, а заражённые осваивают иные подходы, включая нападения сверху, с крыш. По ходу истории появляются сведения о тайных экспериментах, организованных заранее эвакуациях и возможном участии правительства в заговоре. Внешняя опасность, дефицит снабжения и сомнительные распоряжения делают сохранение человечности отдельной темой происходящего.