Принц отправляется на Остров Времени, рассчитывая предотвратить появление Песков и изменить свою судьбу. После нападения на корабль он достигает берега, сталкивается с Шади и встречает Кайлину. Путь к Императрице проходит через места, которые существуют в разных временных состояниях — от разрушенных до ещё сохраняющих прежний облик.

Prince of Persia: Warrior Within соединяет паркур, ловушки и сражения от третьего лица. Во вторую руку можно брать найденное оружие: оно расширяет набор комбинаций и специальных атак. Выбор пары меняет возможности в бою и помогает справляться с очередными противниками.

Появления Дахаки превращаются в эпизоды опасной погони, где нужно быстро преодолевать препятствия. Исследование также вознаграждает внимательность: тайные маршруты с ловушками ведут к увеличению запаса здоровья. Более мрачная подача сопровождает историю о попытке избежать предначертанного исхода.