После событий предыдущей части Принц направляется в Вавилон: убив стража времени Дахаку, он изменил судьбу, невзирая на пророчества и предписания. По дороге корабль Принца и Кайлины захватывают. Визирь снова становится противником: его смерть и активация песков времени были отменены. Махараджа отправляется на проклятый остров и завладевает кинжалом времени, но воспользоваться им не может, поскольку пески не действуют. На попытке не допустить их активации и строится новый сюжет.

В прежней истории пески пробудились после убийства императрицы и теперь действуют по собственной воле. Из-за их активации в Принце возникает альтер-эго, а Визирь становится правителем. Темный Принц постепенно набирает силу и проявляется после ряда событий — к удивлению самого Принца. Хотя герой способен превращаться в Темного Принца, стремящегося подчинить себе время, настоящий Принц в итоге его усмиряет. Превращение доступно почти с самого начала, но в этой форме здоровье постепенно убывает, пока герой не подберет песок.

Геймплей немного изменен, однако в центре по-прежнему акробатика и бои с двумя видами оружия: основным и найденным. Их можно сочетать в комбинациях. Главное оружие — кинжал смерти; дополнительное постепенно изнашивается при использовании. Сначала вторым оружием служит цепь, а позднее Принц находит меч отца. Также появились «быстрые убийства»: во время скоростного пробега мимо противников можно расправиться сразу с несколькими, пока время замедлено.