Primordialis предлагает с помощью физической системы собрать водное существо с самого начала. Его рисуют, подбирая типы клеток для движения, обороны и атаки. Организм можно снабдить ядовитыми боевыми щупальцами, способностью создавать электрические разряды, оглушающие врагов, или потомством, которое взрывается возле противников.

Чтобы выжить и развиваться, созданию предстоит перемещаться по опасным глубинам и вступать в столкновения с другими формами жизни. Прогресс строится на противоборстве и адаптации: выживание зависит и от устройства организма, и от действий игрока. На пути встречаются агрессивные существа и угрозы окружающей среды. За победу над боссами можно получить сильные мутации — постоянные улучшения, меняющие способности существа до конца его жизни.

В бою можно полагаться на реакцию либо преодолевать опасности за счёт эффективности созданных биологических систем. Исследовать предстоит процедурно сгенерированную карту взаимосвязанных биомов: каждый забег получает собственное устройство мира и новые испытания. Наряду с основным направлением развития здесь есть территории для свободного исследования, где окружение можно обратить себе на пользу. Смерть окончательна: когда путь существа заканчивается, игру нужно начинать заново в новом, незнакомом подводном мире.