В Potion Craft: Alchemist Simulator игрок управляет алхимической лавкой, готовит зелья по собственным рецептам и продаёт их покупателям. Благодаря разнообразию занятий можно выбирать, какую роль принять в песочнице, созданной небольшой инди-командой: ориентироваться на постоянных клиентов или учитывать запросы случайных посетителей.

Иллюстрированная двумерная графика показывает происходящее в игре: от добычи ресурсов и растирания трав в ступе до торговли с бродячими купцами и внесения рецептов в записи. Ингредиенты для настоек — среди них листья, грибы, корни, минералы, фрукты и ягоды — обрабатываются мышью с помощью физических действий. Такой способ взаимодействия усиливает погружение и передаёт будни средневекового алхимика: нужно варить зелья, поддерживать угли под котлом и размешивать содержимое.

В лавку регулярно приходят разные персонажи. Разговоры ведутся через диалоговое окно, где игрок выбирает ответ. Он сам решает, с кем подружиться, а кому сбыть подделку, сорвав планы покупателя. После выбора союзников можно пройти их сюжетные линии, ведущие к неожиданным концовкам.