В Plants vs. Zombies: Replanted каждый проигрыш означает новый старт. В режиме Rest in Peace ошибки необратимы: перманентная смерть отправляет игрока к началу. Каждый забег проходит по условиям, заданным Безумным Дейвом: он выдает для обороны ограниченный, а иногда и случайный набор растений. Поэтому вместо длительного планирования приходится быстро приспосабливаться к меняющейся обстановке и бороться за выживание.

Игра включает не только одиночные испытания, но и несколько многопользовательских форматов. В кооперативе игроки сообща отражают атаки, хотя конкуренция за ресурсы сохраняется и там. На привычный ход игры влияет также погода в режиме Cloudy Day: в пасмурные периоды Подсолнухи засыпают и перестают давать Солнце до прояснения. Это заставляет существенно менять тактику и распоряжение энергией.

Новые механики дополняют классическую формулу Plants vs. Zombies: Replanted, не отменяя связи с оригинальной оборонительной стратегией. В игре вновь появляются знакомые растения — Горохострелы и Капустопульты; они снова защищают от наступающих мертвецов.