Perfect Dark Zero показывает Джоанну Дарк до событий первой игры. В 2020 году охотница за головами работает вместе с отцом Джеком и хакером Чандрой. Поиски учёного Натана Зейглера приводят их к гонконгской триаде и древнему артефакту, за которым стоят куда более масштабные интересы.

Приквел сочетает стрельбу от первого лица со скрытным прохождением. Четырнадцать миссий разворачиваются в разных местах и предлагают использовать оружие, устройства и транспорт. Подход к операции зависит от ситуации: вооружённое столкновение соседствует с задачами, где полезнее действовать незаметно.

История постепенно связывает работу героев с тайным агентством и международным заговором. Заказчик спасения учёного также преследует собственные цели, поэтому удачное выполнение поручения не означает, что все участники действуют на одной стороне. Помимо одиночной кампании, игра предусматривает многопользовательские матчи и возможности игры с ботами.