Pathogenic предлагает роль фантастического паразита в изометрическом рогалике. Маленькая клетка поглощает находки и движется по игровым версиям лёгких, сердца и мозга, где ей противостоят защитники организма. Биологическое противостояние задаёт тему этого стилизованного мира.

Мутации собираются из отнятых у врагов органелл. Митохондрии, жгутики, шипы и железы составляют разные конфигурации персонажа. Столкновения с макрофагами и Т-лимфоцитами используют физику мягких тел, а боссы и плазмидные фрагменты связаны с постоянными улучшениями дерева развития.

Локации соединяют заданные элементы и процедурные участки. Меняющиеся условия требуют приспосабливать сборку, а другие паразиты, включая ленточных червей, становятся дополнительными соперниками. Тёмные органические пространства контрастируют с яркими эффектами способностей.