Night in the Woods рассказывает о Мэй, бросившей учёбу и вернувшейся на родную планету. Там она обнаруживает, что люди превратились в существ с зооморфными чертами. Мэй хочет просто отдыхать в родном городе и общаться с друзьями, которым она уже неинтересна.

Героиня может бегать, прыгать и разговаривать с другими персонажами. После недолгого спокойствия в городе преступник похищает жителя во время Хеллоуина, и Мэй отправляется в погоню. У городского края её останавливает забор, который нельзя перелезть. Он цел, но преступник и похищенный находятся за ним, на холме, — Мэй не понимает, как им удалось туда попасть.

Затем следуют несколько миссий, которые невозможно выиграть: Мэй пытается убедить жителей, что видела призрака, однако ей никто не верит. Тем не менее она собирает старых друзей, чтобы вместе искать следы прежних происшествий. После этого преследующая героев фигура появляется чаще, и им приходится от неё убегать.

Важный момент для освоения управления наступает, когда герои выходят на поляну с двенадцатью фигурами в чёрных плащах. Камень придавил ногу одной из фигур. Остальные решают наказать его за то, что он оставил в центре города отрубленную руку.