Monster Train 2 — roguelike о создании колод, где игроки командуют могущественными кланами в поезде. Их путь пролегает через беспокойный мир, в котором встречаются демоны, ангелы и опасность со стороны Титанов. С продвижением по сюжету предстоит пройти несколько уровней состава поезда: каждый ставит особые задачи и открывает возможности для улучшения колоды.

Победа над противниками, становящимися всё сильнее, зависит от тактических решений, предусмотрительности и способности быстро реагировать. Среди нововведений — пять кланов с разными сильными сторонами и стратегиями. Их способности позволяют собирать колоды под собственные предпочтения.

У поезда три вертикальных уровня, и для успеха важно одновременно оберегать каждый из них и улучшать карты и юнитов. Карты комнат и снаряжение расширяют тактический выбор и помогают получать преимущества в бою. Во время путешествия игроки также посещают Заставу Ковенанта — центральное место для общения с персонажами и открытия новых игровых возможностей. Система Pyre Hearts даёт возможность настраивать действия и тем самым воздействовать на ход сюжета.