Misao — приключенческая игра с элементами хоррора: несмотря на пиксельное изображение, вид сверху и стилизацию под аниме, она лишь напоминает классические JRPG. В издании есть улучшенная Definitive Edition: в ней немного доработали графику, добавили контент и заставки, а часть головоломок переделали.

Действие разворачивается в школе. Всё начинается с того, что пропадает ученица Мисао. Через три месяца там регулярно происходят паранормальные явления, и люди подозревают, что девочка прокляла школу. Затем всё здание оказывается в мире духов и призраков. История предлагает три концовки; одну из них можно открыть лишь во время повторного прохождения.

В начале игры выбирают пол главного героя — от этого меняются отдельные диалоги и сцены. До исчезновения Мисао персонаж пытался с ней подружиться, а теперь намерен снять проклятие со школы. Для этого нужно собрать шесть важных предметов и разместить их на алтаре. На пути много ловушек, и персонаж может погибнуть 40 разными способами.

По ходу игры герой встречает ярких NPC. Один из них служит точкой сохранения: чтобы записать прогресс, каждый раз нужно разыскать Онигавару, президента студенческого совета, и поговорить с ним.