В ANIMAL WELL исследование ведёт через большой пиксельный лабиринт с запутанными загадками. Игрок перемещается по двухмерным локациям с видом сбоку, взаимодействует с окружением, подбирает и сочетает предметы, решает пространственные головоломки и преодолевает препятствия ландшафта.

Коридоры и комнаты соединяют сектора обширной карты. Освещая тёмные места свечами, можно открывать проходы в новые области. Мир и уровни доступны для нелинейного исследования, а внимательный осмотр локаций помогает находить предметы, необходимые для решения загадок.

На пути встречаются опасные монстры, дикие звери и другие противники, нападающие на героя. Чтобы выжить, придётся противостоять врагам всеми доступными средствами или спасаться бегством: окружение и предметы можно использовать как ловушки, задерживающие некоторых существ.