Операции Peace Walker связаны с развитием собственной военной организации. После вылазки игрок возвращается к управлению Mother Base: набранные люди и доступные ресурсы влияют на подготовку следующих заданий. Противников можно эвакуировать системой Fulton и включать в штат базы.

Миссии допускают повторное прохождение. В одних важнее незаметно проникнуть на охраняемый объект, в других приходится противостоять крупной бронетехнике. Режим CO-OPS рассчитан на совместные операции двух–четырёх участников, а соревновательный Versus Ops поддерживает до шести.

Версия Master Collection дополняет игру цифровыми книгами: Screenplay Book содержит игровой текст, Master Book — материалы о сюжете и героях. Для издания предусмотрены бонусные униформы: LOVE BOX связана с предзаказом, GOLD — с сохранёнными данными предыдущего сборника. Это условия получения бонусов, а не обещание их присутствия в любой раздаче.