Военные столкновения в этом мире превратились в источник дохода для частных военных компаний. Через пять лет после происшествия на Биг-Шелле пять крупнейших военных структур полностью определяют мировой порядок. Ликвид Оцелот разжигает конфликт, стремясь воплотить идею Биг Босса о мире для воинов.

Стареющий Солид Снейк получает последнее задание: подавить масштабное восстание и покончить с влиянием тайных Патриотов. В зонах боевых действий игроку предстоит незаметно перемещаться между участками и сливаться с окружением, принимая облик его элементов. Для проникновения без шума и устранения врагов, не вызывая тревоги, важно тщательно выбирать позицию.

Смысловой центр повествования — Чувство: эта тема помогает раскрыть загадки серии, остававшиеся без ответа много лет. Историю дополняют три справочных материала: цифровая база с подробностями сюжетных связей, сценарная книга, содержащая весь текст диалогов и описания сцен, а также иллюстрированное руководство по лору и хронологии вселенной.

Для современных систем выпущена обновлённая версия шпионского экшена. В финальном сражении участвует легендарный боец; эта схватка завершает многолетнюю историю противостояния персонажей.