В 1975 году Биг Босс высаживается ночью у лагеря Омега на Кубе. В плену находятся Чико и Паз, которые знают слишком многое о его организации Militaires Sans Frontières. Снейку нужно найти обоих, провести их мимо охраны и доставить к месту эвакуации.

Metal Gear Solid V: Ground Zeroes даёт осмотреть базу и самостоятельно выбрать путь. Патруль у ворот можно обойти, но при возвращении с пленником тот же маршрут уже окажется неудобным. Наблюдение за охраной, укрытия и подходящее время для перехода помогают сохранить инициативу, пока лагерь не поднял тревогу.

Ночная операция служит сюжетным прологом к The Phantom Pain. После неё на той же территории доступны побочные задания с другими целями. Знание расположения постов и проходов пригодится, но прежний план придётся пересмотреть.