В 1191 году, на Святой Земле, Альтаир — беспощадный ассассин — оказывается втянут в конфликт, обострённый проблемами и расколом, вызванными Третьим крестовым походом. Игрок управляет им, стремясь усмирить обе враждующие стороны. Мир открыт для свободного перемещения и исследования, а события относятся к эпохе крестовых походов XII века.

Окружение, стражники, злодеи и другие персонажи действуют под управлением ИИ и откликаются на поступки героя. Местные жители тоже способны помешать выполнению заданий. У каждого города свой уклад и свои правила: знакомство с ними помогает не проваливать квесты.

Сюжет продвигается через выполнение поручений и устранение целей. Многие миссии посвящены ликвидации особых противников, обладающих значительной властью и использующих её во зло. После преступления герою труднее всего уйти от преследующих его стражников и врагов. Альтаир может взбираться на здания, прыгать, перемещаться по настенным выступам и падать с большой высоты в стог сена, оставаясь невредимым.

В арсенале ассассина — специальные приёмы и оружие. Скрытый клинок спрятан в рукаве под одеждой; против стражи и тамплиеров также можно применять меч, лук и метательные ножи. Реалистичность схваток поддерживают точная анимация и смешанная манера движений. Особое умение Альтаира — Орлиное зрение: оно позволяет подслушивать беседы и замечать врагов сквозь преграды, чтобы настичь противника или получить сведения от жителей.