Создавая Manifold Garden, авторы ориентировались на полотна голландского живописца Маурица Эшера. Визуальный стиль сочетает полупрозрачные текстуры с карандашными набросками, а головоломки основаны на оптических иллюзиях и парадоксах. Здесь верх может стать низом: пол и потолок меняются ролями, а мир вокруг порой застывает во времени. Геометрически невозможные сооружения встречаются повсюду. Игроку предстоит разобраться в устройстве этого странного мира и отыскать выход.

На каждом уровне нужно открыть двери, активируя механизмы и решая задачи с помощью логики и интуиции. Уже в начале доступны умения, позволяющие управлять предметами: цветные кубы можно перемещать и устанавливать в отведённые для них места. Это меняет пространство.

У каждой грани свой цвет, а активация подходящей поверхности вызывает физические изменения. Так, зелёная стена становится опорой под ногами. Связанный с ней куб при этом остаётся активным: его можно переносить по воздуху туда, где он нужен. Другая грань останавливает время. Замершие кубы служат платформами для активных.

Для решения головоломок приходится снова и снова поворачивать комнату и передвигать объекты. По мере продвижения появляются новые способности: с их помощью можно преодолевать пропасти, менять течение воды и подниматься по ступеням.