Руководство предприятия «Кварк» охотно рассказывает о безопасности. Сотрудникам полагаются перерывы и автоматы с напитками, радиоактивные материалы якобы надёжно изолированы. Правда, величину допустимого риска начальство засекретило, а за выход из своей зоны обещает наказать. Чем аккуратнее составлены эти инструкции, тем страннее они звучат в разрушающемся комплексе.

Kvark переносит действие в альтернативные восьмидесятые на территории Чехии. Под землёй соседствуют шахты, производственные участки и исследовательские помещения, за которыми следит вооружённая охрана. Игрок видит туннели от первого лица. Путь через них складывается из перестрелок и преодоления препятствий, пока вокруг остаются следы тщательно расписанного трудового быта.