В Knights of Honor II: Sovereign игроку предстоит стать королём одного из народов средневековой Европы. У каждой нации свои особенности: они облегчают одни стороны игры, но создают новые испытания. На пути правителя — политические интриги, влияние веры и войны.

Управлять королевством в одиночку сложно, поэтому придётся собрать двор. Его приближённые отвечают за разные области, включая экономику и веру. Для других задач нанимают торговцев, шпионов, клерков и дипломатов. Их характеристики растут по мере выполнения заданий, а развитие каждой сферы зависит от уровня назначенных управляющих.

С соседними правителями можно заключать союзы и взаимовыгодные договоры или вступать в войну. В сражениях игрок либо сам отдаёт приказы каждому отряду, либо поручает битву генералу, который определит её исход без лишнего участия короля. Бои идут в лесах и полях, а порой переходят в крупные осады городов с применением техники. Чтобы одержать верх, нужно и атаковать, и защищаться.

Игра предлагает управлять всеми областями государства, исследовать обширную территорию с разными нациями, назначать подчинённых и участвовать в сражениях в реальном времени. Предусмотрен и многопользовательский режим.