На парящих островах Island Beekeeper начинается хозяйство, которое должно снабжать мёдом страдающую от голода и болезней Землю. Доставкой вниз занимаются дроны. В этой вымышленной истории мёд — ценный ресурс спасательной миссии, однако судьба предыдущих отправленных в небо фермеров остаётся неизвестной. Развитие пасеки постепенно открывает эту тайну.

Новые виды пчёл можно привлекать посадками особых цветов и скрещивать ради необычных свойств. Участки расширяются, чтобы разместить ульи и поля. Для переходов между далёкими островами предусмотрен транспорт — медоцикл, а исследование биомов приносит дополнительные ресурсы.

Заказы с Земли повышают репутацию и открывают чертежи. Выполнение этих поручений связывает рост хозяйства с продвижением к званию мастера. Играть можно одному или компанией до четырёх человек за одним экраном. Сюжетная кампания ориентировочно занимает 40–60 часов и соединяет обустройство небесных угодий с поиском пропавших предшественников.