В Shelter 2 игроку нужно вырастить четверых котят рыси Инны. Она спаслась от волчьей стаи и родила их; для каждого детёныша можно выбрать имя из списка или придумать своё. Пока котята малы, мать сама добывает зайцев и другую пищу. Подросшие малыши уже стремятся сопровождать её на охоте.

На поиски еды рысь может отправиться в горы, на равнину или в лесную прогалину — её дом. В этих местах меняется погода, случаются лесные пожары и подстерегают хищники. В горах водятся мыши, но на рысь может напасть медведь; на равнине можно встретить оленей, однако там есть опасность столкнуться с волком. На прогалине обитают кролики, а часто налетающие орлы способны унести рысёнка. Птицы тоже становятся добычей, тогда как детёнышам угрожают ещё и лисы.

Котятам еда необходима, чтобы выжить. Для взрослой рыси питание помогает сохранять скорость и восстанавливать силы. Кроме охоты, можно собирать ветки, камни и перья, а также черепа пойманных зверей. Если оставить детей без присмотра, они погибнут. Выжившее потомство через год покидает мать, и игра завершается; затем можно начать новую игру за одного из её потомков. Мир игры выполнен в минималистичном стиле и сопровождается атмосферным саундтреком.