После гибели Лоис Лейн Супермен расправляется с Джокером и решает установить порядок на Земле единолично. Бэтмен возглавляет сопротивление. Когда в конфликт вмешиваются герои из параллельного мира, знакомым персонажам DC приходится сражаться в том числе со своими двойниками.

Injustice: Gods Among Us ставит поединки на одной плоскости, хотя бойцы и арены трёхмерные. Обычные удары связываются в комбинации, а накопленную энергию можно потратить на усиленный приём или суперудар. У каждого персонажа есть особая способность, и привычная тактика меняется вместе с выбором героя.

Предметы на арене также дают возможности для атаки или манёвра. Сильный боец может использовать тяжёлый объект иначе, чем более подвижный соперник. На некоторых аренах удачный удар переносит бой на другой участок. Сюжетные сцены связывают поединки в историю противостояния Супермена и Бэтмена.