Heaven's Vault — приключение с рисованной графикой и множеством непростых загадок. Главная героиня, археолог Алия Эласра, посвятила жизнь изучению древней космической Туманности. В странствиях ей сопутствует робот Шестой; вместе они ищут ответы о далёком прошлом. Когда исчезает робототехник из Университета Иокса, поиски приводят Алию к неожиданным открытиям, важнейшее из которых связано с тайной Небесного Убежища.

На ход истории влияют решения игрока: игра учитывает его поступки и формирует индивидуальное повествование. Моральный выбор меняет развитие сюжета, отношения героев и финал. Предусмотрено несколько концовок; чтобы открыть их все, в разных главах придётся действовать по-разному.

Задачи включают поиск и сочетание предметов, чтение древних хроник и расшифровку иероглифов. Загадки вплетены в сюжет: ошибочное толкование письмен может направить историю в иную сторону и увести от правильного пути.