В 2559 году, через 28 лет после событий первой Halo Wars, начинается новая история во вселенной франшизы. ККОН (Космическое Командование Объединенных Наций) и Изгнанники ведут борьбу за Ковчег. В центре сюжета — экипаж корабля «Дух огня», прибывший на Арку, установку, управляющую кольцами Ореола. Капитан Джеймс Каттер обнаруживает там многочисленные укрепления и отряды Изгнанников под командованием Атриокса: они уже давно контролируют эту территорию.

Halo Wars 2 — стратегия в реальном времени с привычной для жанра изометрической камерой; по игровому процессу она напоминает, например, StarCraft. Игрок развивает территорию, возводит и совершенствует постройки, необходимые для базы и армии. Задания отличаются целями: где-то требуется захватить и удерживать несколько точек, где-то — отчаянно обороняться или постепенно оттеснять противника от своих рубежей. В каждом из 12 уровней наряду с основными есть дополнительные задачи: например, защищать союзного бойца до конца миссии или уничтожить вражеских командиров.

Армии обеих сторон включают множество типов бойцов и техники. В составе сил ККОН — морская пехота, УВОД (элитные бойцы), танки «Гриззли», «Росомаха», «Кадьяк» и «Змеешейка», а также вертолёты «Шершень» и «Соловей». Войска Изгнанников включают ворчунов — их основной юнит, гвардейцев Почётного караула и тяжёлую технику: «Чоппер», «Мародёр», «Саранчу» и «Баньши».