Отряд Freedom Force останавливает Ядерную Зиму, который пытается столкнуть США и СССР из-за похищенных боеголовок. По возвращении герои обнаруживают, что история изменилась. Во Второй мировой победила нацистская Германия, и привычного мира больше нет. Чтобы обратить последствия вмешательства Блицкрига, команде нужно вступить в борьбу с силами Оси.

В Freedom Force vs. the Third Reich сражения показаны сверху, а состав отряда определяет доступные тактические возможности. Среди союзников есть Триколор, Зелёная Джинния, Блэкджек и Король Небес. Их способности приходится сочетать против противников, которые действуют по совершенно разным правилам. Красный Октябрь использует иллюзии, Фортиссимо атакует голосом, а Красное Солнце создаёт собственные проекции.

Продолжение Freedom Force сохраняет интонацию старых супергеройских комиксов. Альтернативная история подаётся через нарочито яркие образы и юмор, а за внешней простотой поединка скрывается задача правильно распределить действия команды.