В Flashback 2 действие происходит в XXII веке: Объединенные Миры охватывают Солнечную систему, но оказываются под угрозой вторжения Морфов. Ими руководит печально известный генерал Лазарус. Игрок становится Конрадом Б. Хартом, агентом Галактического бюро расследований (GBI), и отправляется противостоять Морфам, чтобы не дать им поработить человечество.

Игра сочетает исследование, головоломки и приключения в научно-фантастическом киберпанковском мире. Путь проходит через улицы Нового Токио, мегаполис Нью-Вашингтон и глубины Джунглей. В сражениях с Морфами Конрад использует A.I.S.H.A. — адаптивное смертоносное оружие, оснащенное боевым искусственным интеллектом. Проработанное 3D-окружение служит основой для платформенного шутера с динамичным игровым процессом.