Игра рассказывает о Мидгаре, мегаполисе под властью корпорации «Шинра». Она добывает мако — источник жизненной энергии планеты: без него планета погибнет. Группа Avalanche, которую называют террористической, стремится взорвать мако-реакторы. Клауд Страйф, наёмник и бывший участник спецподразделения SOLDIER, оказывается вовлечён в события, меняющие его взгляд на происходящее.

В числе четырёх главных героев — Клауд, Тифа Локхарт, Баррет Уоллес и Айрис Гейнсборо. Клауд — берсерк, умеющий исследовать окружение; смена стойки позволяет ему наносить более сильные удары, жертвуя скоростью. Тифа, подруга детства Клауда, держит в Мидгаре бар «Седьмое небо». Она сражается кастетами в ближнем бою и относится к классу монахов. Баррет — выносливый танк, устойчивый к урону; его ручная пушка позволяет атаковать издалека. Айрис — маг, ведущая дальний бой и состоящая в эко-террористической группировке «Лавина».

Приключение проходит в Мидгаре, в большом мире, разделённом на области с разными игровыми механиками. В одних местах предстоит решать головоломки, перемещая ящики механическими руками, в других — проверять ритм и быстроту реакции. Основной путь пролегает по линейным коридорам: там нужно сражаться с толпами врагов, следуя заданному маршруту. Помимо них есть открытые участки с побочными заданиями. Среди таких поручений — победа над чудовищами в уже посещённых местах, поиски пропавших кошек и сбор детей на уроки.

Связи между героями развиваются по мере прохождения, а сами персонажи взаимодействуют друг с другом. Каждый может блокировать удары и уклоняться от них. Атаки и обнаружение слабостей противников заполняют шкалу Stagger; её заряд расходуется на особые приёмы, заклинания или предметы. Сражения идут в реальном времени, сочетая тактические решения с напряжёнными схватками. Чтобы эффективно использовать боевую систему, следует выбирать подходящих героев против конкретных врагов и менять персонажа прямо во время боя.

Развитие персонажей построено вокруг материй, позволяющих подбирать игровой стиль. Заклинания, призываемых существ, пассивные умения и специальные приёмы размещают в слотах оружия. Мест немного, поэтому каждому герою приходится отводить ограниченный набор навыков — например, сосредоточить его на лечении. Улучшение оружия устроено линейно: очки умений идут на пассивные бонусы, повышающие характеристики или открывающие слот для материи.