Europa Universalis 3 развивает идеи второй игры и охватывает период от захвата Константинополя турецкими войсками в 1453 году до начала Великой французской революции в 1789-м. Впервые за долгое время графику полностью перевели в трёхмерный формат: леса, реки, солдаты и обычные жители представлены объёмными моделями.

В игре появились уникальные юниты, не связанные напрямую с историей, но способные повлиять на её ход. Вместо исторических личностей действуют случайно генерируемые персонажи, задуманные как точные аналоги прежних героев — реальных людей. Развитие технологии управления открывает национальные идеи: их девять, и каждая по-разному усиливает определённые институты. На государственную стратегию, как и эти идеи, влияют советники: одни направляют очки в производство, другие — в стабильность.

Расширение державы опирается на колонизаторские походы. Торговый центр показывает суммарный доход от нескольких провинций, доставляющих туда товары. Положение государства отражают девять шкал, среди которых противостояния власти знати и богатых, а также обороны и нападения.

Начать партию можно с любого года. Армии включают кавалерию, пехоту и артиллерию. Для начала войны её нужно объявить и подтвердить готовность к ней; затем возможны собственно военные действия, заключение мира или династический брак. Религии разделились на ветви: к восточным относятся конфуцианство и буддизм, а к христианским — православие и католицизм, помимо других направлений.