В Endoparasitic учёный оказывается заперт в исследовательском комплексе на астероиде после нападения заражённых существ. Тяжёлые травмы оставляют ему только одну рабочую руку, а паразит внутри тела продолжает угрожать жизни. Герой пытается сохранить исследования и выбраться, выполняя каждое действие вручную.

Управление мышью превращает простое перемещение в отдельную задачу. Той же рукой нужно подтягивать тело, брать предметы, пользоваться переключателями и обращаться с оружием. Перезарядка требует вставлять патроны по одному. Пока игрок занят одним действием, он не может свободно совмещать его с другим, поэтому подготовка к встрече с врагом особенно важна.

Продвижение паразита заставляет следить за состоянием героя и использовать инъекции. В коридорах приходится выбирать между столкновением и попыткой скрыться, экономить боеприпасы и заранее продумывать путь. Помимо обычных противников встречаются боссы и головоломки. Вид сверху помогает оценивать обстановку, но не отменяет главной трудности: ограниченная подвижность делает опасной даже короткую задержку.