В Empires of the Undergrowth игроку предстоит руководить колонией муравьёв в стратегии в реальном времени с механиками симулятора. Сначала в распоряжении будет один муравей: с его помощью можно охотиться, руководить строителями и создавать улей. От его устройства зависит, сумеет ли колония выстоять в суровом мире — и именно опасности объясняют, почему он таков.

На пути колонии встречаются разные препятствия, прежде всего враги: пауки, осы и жуки охотятся на муравьёв и неродившихся личинок. Также важно не допустить, чтобы они сильно повредили улей. Главная забота всей колонии — хрупкая королева, которой требуется постоянное внимание.

Историю и миссии представляет учёный, снимающий документальный фильм о муравьиной жизни. Чтобы захватывать территории, следите за численностью армии и отводите в улье пространство под комнату для хранения еды. Выбирайте время нападения и направление подхода: новые завоёванные земли обеспечат больше пищи колонии и королеве. Выполняя задания, можно получать очки ДНК и использовать их для улучшения муравьёв, превращая их в более грозных противников.