События Age of Empires 3 начинаются в 1565 году. Главный герой, Морган Блэк, служит в Мальтийском ордене и защищает цитадель от османов, которыми командует Сахин. Во время боя Морган обнаруживает рукопись «Круга Оссуса»: в ней говорится о загадочном Лунном озере. Чтобы найти это легендарное место, он отправляется в Новый Свет. Там его ждут пираты Элизабет Рамси и путешествие на полуостров Юкатан.

Кампания состоит из трёх актов — «Кровь», «Лёд» и «Сталь». В каждом герои оказываются в новых краях, встречают иных персонажей и участвуют в разных войнах. Морган проходит через Семилетнюю войну, встречает Джорджа Вашингтона, становится свидетелем появления компании «Фалькон» и участвует в войне с мексиканцами.

Среди держав, вовлечённых в конфликт, — Великобритания, Пруссия, Голландия, Испания, Португалия, Российская империя, Османы и Франция. У каждой страны есть лидер; в числе названных полководцев — Наполеон I, Елизавета I, Иван Грозный IV и Генрих Мореплаватель. Командиры обладают особыми умениями: Елизавета возводит особняки вместо обычных домов, Генрих применяет подзорную трубу, а Иван формирует крупные группы пехоты и поселенцев.

Для Age of Empires III вышли два масштабных дополнения — The WarChiefs и The Asian Dynasties. Первое добавляет три коренных народа Америки: ирокезов, сиу и ацтеков, а также новый вид отрядов — пехоту колониальной армии. Второе посвящено азиатским державам, включая Японию, Китай и Индию; его сюжетная линия не связана с основной игрой.