Empire Earth II развивает цивилизацию от каменного века к современности в стратегии реального времени: предстоит пройти 15 эпох и освоить передовые технологии. Среди доступных наций — римляне, американцы, британцы, турки, китайцы и немцы.

Сюжетный набор включает учебную кампанию за ацтеков, одолевших Кортеса, и три одиночные истории: о древней Корее, средневековой Германии и Америке XIX–XXI веков. В последней люди сражаются с киборгами, одновременно пытаясь предотвратить ядерную войну. Также предусмотрены четыре миссии-поворота, где можно по очереди выступить за каждую из враждующих сторон.

Развитие начинается с основания города и возведения важных для стратегии зданий. Университет ускоряет научное развитие и повышает образованность крестьян, мастерская производит военное снаряжение и технику, а казармы усиливают армию. Очки, полученные за развитие горожан, расходуются на повышение уровня жизни, армейское оснащение и образование; накопленные баллы позволяют перейти на новую локацию.

Сила государства зависит от показателя в гонке вооружений: чем он выше, тем сильнее страна. Для действий против соперников можно создавать шпионов — они устраивают перевороты, не нанося значительного ущерба. Дипломатия позволяет заключать союзы и захватывать противников. Страны могут торговать между собой, а также за плату добывать полезные ископаемые на чужой территории. Сначала доступны железо и уголь, позднее — газ и нефть.

Следить за вражескими постами помогает режим «картинка в картинке»: на карте размещаются камеры, изображение с которых выводится в отдельное окно.