Каэде Акамацу и другие ученики оказываются пленниками необычной академии в Danganronpa V3: Killing Harmony. Заведующий ею Монокума предлагает выход по жестокому правилу: совершить преступление и не быть разоблачённым остальными. Детективная визуальная новелла постепенно превращает знакомство с группой в проверку того, кому можно доверять.

Повседневная школьная часть посвящена общению и развитию отношений. После очередного происшествия игрок обследует места, беседует со свидетелями и сопоставляет найденное. Эти материалы затем становятся основой классного суда — общего разбирательства с несколькими видами мини-игр.

«Пули правды» представляют доказательства, которыми можно опровергнуть противоречивые слова. Новая возможность связана и с намеренной ложью: иногда она помогает сдвинуть обсуждение, а не просто мешает убеждать собеседников. Смена разговоров, поиска улик и быстрых споров определяет ход расследования.