Макото Наэги попадает в академию «Пик Надежды» благодаря лотерее, дающей место среди необычайно талантливых учеников. Но вместо обычной учёбы группа оказывается заперта в школе. Монокума, медведь, распоряжающийся этим местом, навязывает условия смертельного состязания: преступник получает шанс на выход, только если остальные не сумеют его разоблачить.

Danganronpa: Trigger Happy Havoc строится на чередовании разговоров, расследований и общих разбирательств. Макото осматривает место происшествия, собирает свидетельства и обсуждает события с одноклассниками. Затем найденные сведения нужно сопоставить с их показаниями и указать на противоречия.

Обсуждение оформлено как серия подвижных мини-игр. Доказательства становятся аргументами, которыми игрок опровергает неверные фразы; отдельные словесные поединки требуют попадать в ритм. Важны и логический вывод, и своевременное действие. Задача состоит в том, чтобы установить виновника, сохранившимся ученикам избежать ошибочного решения и понять, что скрывает школа.