Поездка на остров в Danganronpa 2: Goodbye Despair начинается с обещания дружеского отдыха. Хадзимэ Хината, утративший часть воспоминаний, оказывается там с другими учениками академии «Пик Надежды». Учительница Усами пытается наладить общение, но Монокума меняет правила: теперь свобода зависит от участия в смертельной игре и исхода разбирательств.

В спокойные промежутки можно разговаривать с одноклассниками и выбирать для них подарки. Развитие отношений приносит Фрагменты надежды. Когда происходит преступление, начинается исследование места событий: собранные улики и свидетельства понадобятся на классном суде.

Мини-игры суда проверяют, как игрок связывает факты и замечает противоречия. В «Безостановочных дебатах» аргументы применяются к выделенным фразам собеседников. Доказательства здесь используют после расследования, чтобы восстановить случившееся и установить виновника. Помимо основного сюжета предусмотрены дополнительные режимы, включая другие варианты общения и событий в знакомом мире.