В Core Keeper можно отправиться в случайно генерируемые мрачные подземелья одному с напарником или компанией — подключаясь через интернет либо играя локально. Сетевая сессия рассчитана на восемь человек. Вместе игроки исследуют подземный мир, сражаются с мифическими существами и боссами, собирают материалы и пытаются раскрыть тайну древнего Ядра.

Собранные ресурсы идут на обустройство базы и изготовление экипировки; ими же нужно поддерживать работу Ядра. Победы над монстрами приносят опыт для развития героя. Подземные области различаются биомами и обитающими в них существами, причём противники используют разные схемы атак. В некоторых залах встречаются могущественные боссы.

Перед началом можно создать персонажа, а позднее — менять его внешность прямо во время игры. Исследовать окружение помогают факелы, разгоняющие темноту; отдельные стены поддаются разрушению. Помимо сражений и строительства, можно ловить рыбу, выращивать растения и готовить полезные для путешествия рецепты, комбинируя ингредиенты. В компании предстоит выживать и покорять дикие земли.