В Beholder 3 Фрэнк Шварц избегает тюремного заключения благодаря вмешательству таинственной женщины. Взамен он вынужден выполнять её поручения и действует как неопытный агент под прикрытием: проворачивает секретные дела и следит за чужими разговорами.

Игрок ведёт Фрэнка Шварца по карьерной лестнице; тот надеется обрести покой и стабильность. Однако его подставляют в Министерстве, он теряет всё и вынужден искать, как спастись. В тоталитарном обществе, где господствуют вышестоящие, Фрэнку остаётся за плату выполнять грязные поручения в интересах государства.

В ходе заданий нужно осматривать разные места, проникать в жилища и искать улики либо компромат. Игрок подслушивает беседы, чтобы понять настроения людей, выполняет поручения государственных органов и распространяет пропагандистские идеи. Он устанавливает скрытые камеры для наблюдения за окружающими и раскрывает секреты тех, кто вызывает подозрение.