В ATLAS игрок отправляется в пиратское приключение по островам. Это ролевая игра-песочница, где можно выбирать занятия по своему усмотрению. Среди сотен других игроков на островах можно искать союзников или вступать в бой. Также доступны совместные походы и сражения с дружественными игроками против конкурирующих группировок.

Соберите корабль по своему замыслу: для этого предусмотрены более ста материалов, разнообразные плоты и корабельные дополнения. Поставьте флаг, мачту, руль и пушки, наймите экипаж. В морских схватках можно атаковать вражеские суда при абордаже и стрелять по ним из пушек, огнемётов и иных орудий, способных разбить корабль на щепки. На борту или на суше поручайте разные дела нанятым персонажам, которыми управляет искусственный интеллект.

Площадь игрового мира составляет 45 000 квадратных километров. Помимо островов, здесь есть пещеры и потаённые места; разнообразные объекты наполняют области мира. Собирайте материалы и пищу, разыскивайте клады, обустраивайте территории своими постройками или возводите замки. В постройках можно хранить ресурсы и обороняться от других игроков.

Можно играть одному, в PvP или PvE, а также создавать моды и творческие серверы с мини-режимами. В многопользовательском мире стремитесь стать полноправным владельцем пиратов, занимать территории и построить самый большой замок. Приобретайте десятки кораблей и модификаций к ним, добывайте ценные предметы и захватывайте всё больше инициативы.