В Assassin’s Creed Shadows переплетаются судьбы Наоэ и Ясукэ в феодальной Японии. Шиноби из Ига движима личной местью и обещанием, а самурай пытается обрести новую цель, неся груз прошлого. Их путешествие проходит через портовые города, укрепления, святилища и природные пейзажи; погода и смена сезонов влияют на выбор тактики.

Наоэ использует шум, освещение и тени, чтобы проникать мимо охраны. Метательные ножи, дымовые шашки и крюк помогают отвлекать врагов, преодолевать стены и добираться до целей со скрытым клинком. Ясукэ предлагает иной подход: прямые столкновения, точные удары и парирование. Его вооружение включает катану и канабо. Различие героев позволяет сочетать скрытное проникновение с силовым решением задач.