В Assassin’s Creed Origins история рассказывается в формате экшен-слешера от третьего лица. Игра раскрывает происхождение братства ассасинов: объясняет, как оно возникло, почему убийцы долгие столетия оставались в тени и каким образом сложились его правила.

В центре событий — Байек, которого называют первым ассасином. С его деятельностью связаны заказные убийства и поддержка Клеопатры в борьбе против её брата, Птолемея XIII. В начале истории герои убивают одного из фараонов, обладавшего пирамидой, множеством подданных и бесчисленными наёмными убийцами. Как и в других играх серии, повествование перемещается между прошлым и настоящим. В современности Орден стремится восстановить Предтечу и подчинить себе всю планету. Ассасинам недостаёт одной частицы Эдема, поэтому они вновь обращаются к событиям прошлого, чтобы вернуть миру равновесие и получить власть над ним.

Изменений в игровом процессе немного. Убийства стали зрелищнее благодаря X-Ray, а вместо орлиного зрения герой использует настоящего орла: тот осматривает окрестности и отмечает врагов и важные места. Игрок также может управлять временем суток; это недоступно лишь на сложности «Кошмар». Основу по-прежнему составляют скрытные убийства и поддержка союзных ассасинов в противостоянии с другими группами и фракциями. В ранние годы братства на героев охотились, считая их величайшей угрозой на планете.

Игра уверенно подаёт сюжет, представляет обновлённую RPG-составляющую и иллюстрирует мысль о том, что потенциально успешное начинание нередко пытаются подавить.