Во время Франко-Индийской войны Шэй Патрик Кормак оказывается в гуще событий Северной Америки XVIII века. Он начинает как член Братства, но становится его самым опасным противником. Вместо традиционной роли игрок выступает охотником на тамплиеров и преследует тех, кто прежде был его союзниками в колониальной Америке. Исторические события и места создают фон для личной мести Шэя Братству.

История проходит через три региона. Нью-Йорк представлен Манхэттеном колониальной эпохи, его оживлёнными улицами и морской торговлей. Долина реки — это американский фронтир с дикими просторами и водными путями. В Северной Атлантике игрокам предстоит вести военно-морскую разведку среди айсбергов и замёрзших морей, а также участвовать в морских сражениях и пробираться через опасные ледяные поля.

В борьбе с убийцами, которые скрываются в толпе или занимают позиции на крышах, Шэй применяет пневматическую винтовку со специальными боеприпасами и улучшенными возможностями обнаружения. Его корабль «Морриган» служит и для исследования, и для боя: игрокам нужно управлять им в ледяных водах и защищаться от попыток абордажа со стороны убийц.

Морская боевая система опирается на знакомые механики. Среди дополнений — манёвры среди льдов и горящие нефтяные следы, помогающие маневрировать относительно вражеских кораблей. Повествование связывает колониальную историю Америки с личной враждой Шэя и Братства.