В Antivirus Girl игрок становится инспектором комплекса «Сентинел», который защищает компьютерные системы от вредоносного ПО. Это оборонительный экшен-шутер: перемещая персонажа, можно устанавливать блоки в важных точках и перенаправлять потоки данных. Пакеты из внешней сети проверяются по одному, поэтому при обнаружении цифровых паразитов оператору нужно реагировать без промедления.

Защитная служба включает отдельные подразделения для сканирования, обезвреживания и детального изучения файлов. Скрытые угрозы выявляют при проверке входящего трафика, а подозрительные объекты немедленно уничтожают, чтобы обезопасить хост. Башни-турели автоматически отражают атаки опасных программ; блоки же помогают менять путь пакетов.

Враги постоянно приспосабливаются к защитным алгоритмам. Помимо натиска разных противников, игроку предстоят многоэтапные схватки с боссами, где важны тактическое маневрирование и своевременная реакция.