Zero Tolerance — хардкорный шутер от первого лица в олдскульном стиле. Игровое изображение занимает небольшую область экрана, а вокруг выводится статистика. Среди заметных для своего времени визуальных решений — полностью анимированные текстуры и стекающие по стенам следы крови.

Кампания включает 40 уровней в трёх крупных локациях: на космической станции Europe-1, в командном центре Planet Defense Corps и в подвале. На каждом уровне нужно добраться до последнего помещения, где путь дальше открывает лифт или лестница. По дороге предстоит сражаться с разными противниками, но уничтожать каждого необязательно — можно пробиться к выходу. Завершив этап, игрок получает пароль, позволяющий при следующем запуске вернуться к контрольной точке. Каждый этап заканчивается боем с боссом.

До старта кампании выбирают одного из пяти героев. Персонажи обладают разными способностями, задающими стиль прохождения, и носят имена разработчиков. Если герой погибает, игру можно продолжить другим; гибель всей пятёрки означает начало кампании заново.

В распоряжении персонажей — разнообразное оружие с индивидуальными характеристиками и несколько вариантов ближнего боя, включая апперкот и хук. Биосканер отмечает врагов на мини-карте, а прибор ночного видения помогает различать объекты в темноте. Найденным огнетушителем можно потушить огонь и расчистить путь дальше; от пламени также защищает обнаруживаемый на уровнях огнеупорный костюм.