В ZEPHON человечество пытается закрепиться на Земле, пережившей катастрофу. Уцелевшие города окружены опасными территориями, где встречаются мутанты, повреждённые машины и остатки инопланетных сил. Игрок возглавляет одну из человеческих групп и решает, как обеспечить ей будущее среди соперников, с которыми не всегда можно договориться.

Это пошаговая 4X-стратегия: нужно разведывать карту, основывать поселения, развивать хозяйство и расширять влияние. Экономические решения связаны с военными. Новые территории дают возможности для роста, но требуют защиты, а разведка помогает понять, куда направить ограниченные силы. Дипломатия позволяет учитывать интересы других участников конфликта.

В столкновениях важны размещение солдат и техники, свойства подразделений и последовательность ходов. Приходится выбирать между продвижением, укреплением позиций и ответом на чужую угрозу. На фоне борьбы за ресурсы разворачивается противостояние с силами Голоса и ЗЕФОНА. Кампания соединяет долгосрочное развитие фракции с конкретными решениями на опасной карте, где безопасность одного поселения ещё не означает контроля над окружающими землями.