Проснувшись после аварии и комы, герой You Are Empty обнаруживает город, жители которого погибли или превратились в мутантов. В этой альтернативной версии СССР середины прошлого века учёные попытались искусственно улучшить людей ради создания идеальных строителей будущего. Воздействие Излучателя обернулось катастрофой, пока протагонист находился без сознания. Чтобы остановить произошедшее, история ведёт его к попытке изменить прошлое и помешать эксперименту.

Шутер использует вид от первого лица и антураж послевоенного советского города: монументальные здания, промышленные элеваторы, масштабные стройки и характерную символику. В сражениях помогают не только разные виды огнестрельного оружия, но и само окружение. Например, можно обрушить подвесную строительную площадку под противниками. Открытые участки дают пространство для выбора позиции и тактических действий.