Wonder Ball — трёхмерный платформер о путешествии по пяти мирам Киберландии. Их исследование проходит под угрозой вируса, создавшего целую армию ботов. Игрок управляет Чудо-шариком: он умеет преодолевать преграды и одолевать противников. В игре есть платформенные уровни, арены для сражений и секреты.

Игра отдаёт дань классическим платформерам и поощряет исследование: разнообразные локации связаны множеством маршрутов. Миры отличаются внешним видом, а игрок может выбирать, как перемещаться по ним. Можно искать тайники с сокровищами или вступать в напряжённые схватки.

Уровни можно проходить повторно, а спрятанные в укромных местах секреты требуют внимательности. На аренах предстоит сражаться с многочисленными ботами; со временем битвы становятся сложнее и бросают вызов тем, кто хочет испытать своё мастерство. Система боя позволяет выбирать подход к противникам: пролетать сквозь них, врезаться или атаковать Чудо-шаром.