Warranted Humanity предлагает выживание в постапокалиптической 2D-среде: вирус заражает млекопитающих и превращает их в зомби-каннибалов. Игроку нужно добывать припасы, противостоять враждующим группировкам и заботиться об убежище, пока не истекло время, отведённое на спасение человечества от неизлечимой инфекции.

Смерть героя не становится последствием проигранной схватки. Когда здоровье или боевой дух иссякают, он возвращается в укрытие, где приходится иметь дело с результатами неудачи. При этом только истечение времени приводит к проигрышу. Моральное состояние столь же важно, как физическое здоровье, и зависит от решений игрока: убийство излечимых людей его ухудшает, а смелость, приобретаемая через полученные ранения, укрепляет стойкость.

Убежище может пополняться выжившими, которым помогли во время вылазок, а также пленными инфицированными, которых удалось обездвижить и захватить. Пленников лечат антителами, полученными из тела героя. Так появляются новые работники, но вместе с ними увеличивается число тех, кого необходимо кормить.

День и ночь образуют отдельные игровые фазы: события днём задают возможности, доступные после наступления темноты. Бои проходят в активном режиме, а на результат воздействуют место попадания, состояние оружия и его параметры. Продвижение к новым областям требует открывать замки в специальных мини-играх — например, взламывать их или заниматься хакингом. Инвентарь использует отложенный сбор: он помогает контролировать перегрузку и избавляет от необходимости возвращаться за оставленными предметами.