Хронологически Utawarerumono: Past and Present Rediscovered занимает промежуточное место между Monochrome Mobius и Mask of Deception. В столицу Ямато возвращаются Оштoр и его соратники, чьи героические свершения не обеспечили прочного мира: страну тревожат загадочная скверна и всё более частые атаки свирепых чудовищ. Новая задача объединяет Шуню, Мунечику и Миказучи. Им предстоит противостоять угрозам извне и изнутри, защищая границы процветающей империи. Для этого героям нужны и боевые навыки, и умение принимать стратегические решения на фоне растущей нестабильности.

Бои проходят пошагово, а Action Ring с круговыми индикаторами задаёт порядок ходов. Чем выше скорость бойца, тем чаще он действует и тем заметнее его преимущество в сражении. Персонажей можно перемещать во внутренние кольца, чтобы уменьшить ожидание перед следующей атакой. В числе помощников — призываемый Халу: форма Armored Trance позволяет ему подстраиваться под сильные стороны врагов. Улучшать его способности можно у торговцев, вкладывая средства в расширение параметров и получение особых атакующих приёмов.

Чтобы подчинить территории Ямато, нужно расправиться с обычными противниками и одолеть могущественных Хозяев Областей. Когда сектор полностью взят под контроль, врагов в нём можно устранять сразу, не переходя к экрану боя. Передвижение по миру ускоряют Вопторы: верхом на них можно автоматически подавлять сопротивление слабых врагов. Быстрые перемещения и укрепление поселений помогают распределять время между поручениями и развитием персонажей. Свободное исследование местности сочетается с управлением ресурсами, а странствие становится частью восстановления порядка в империи.