В Ultimate General: Civil War можно возглавить армию Союза или Конфедерации. Кампания объединяет более пятидесяти боёв разного масштаба. Вместе с небольшими операциями встречаются сражения при Энтитеме, Фредериксберге, Геттисберге и Колд-Харборе. Отдельные исторические битвы доступны и вне кампании.

На поле командующий отдаёт приказы подразделениям. Стрелков можно выслать на разведку, кавалерию спешить, а пехотные бригады поддержать артиллерией. Высоты, лес, постройки и уже существующие укрепления влияют на обзор и защиту. Противник способен обойти открытый фланг или угрожать обозу, поэтому резерв и подвоз боеприпасов имеют значение даже при численном преимуществе.

Между боями предстоит пополнять части, назначать офицеров и закупать вооружение, в том числе образцы Энфилда и Уитворта. Уцелевшие бойцы набирают опыт, офицеры получают повышения, а репутация командира расширяет доступные силы. Состояние армии после победы определяет, с чем она вступит в следующую операцию.